Hasta sedyeye yatırıldıktan sonra her iki bacağının göğsüne doğru çektirilerek, sol yanına doğru yatırılır ve konunun uzmanı olan bir doktor tarafından muayene edilir. Muayenenin sonrasında hastaya sedasyon sağlamak için anestezi uygulanır. Hasta, anestezinin etkisiyle yapılanlara tepkisiz kalacak şekilde sakinleştirildikten sonra gastroenteroloji uzmanı tarafından kolonoskopi cihazı rektumdan başlayıp ileri gönderilir. Bu aşamada kolonoskop ile içeri hava verilip kalın bağırsağın şişmesi sağlanır. Bu sayede kalın bağırsağın iç yüzeyi görünür hale gelir. Yaklaşık 20 ila 30 dakika arasında süren bu işlem sayesinde kalın bağırsak ile ince bağırsağın küçük bir kısmı kolonoskop sayesinde iyice taranmış olur.

Uzman doktor kolonoskopi sırasında polip gibi normal olmayan oluşumlarla karşılaştığında bu patolojik oluşumları dikkatli bir şekilde yerinden ayırıp dışarı çıkarabilir.  Hastalığın durumu ve seyrine bağlı uzman gastro-enterolog, hastadan gerekli gördüğü durumda uygun bir yerden biyopsi alabilir. Kolonoskopi işlemi bittikten sonra hastaya verilen sedasyon ya da anestezinin etkisini bitmesi beklenilir. Hastanın tamamen bilinci yerine geldiğinde ise hasta odasına alınır. Gerekli duyulursa da hastaya ağrı kesiciler veriliyor. Hastalığın durumuna göre bazen kolonoskopi işlemi yaptırdıktan sonra hastanede yatması gerekebilir. Biyopsi ve bağırsaktan alınan sürüntülere yapılan tahlillerden sonra hastaya gerekli olan tedaviler verilir